Năm thứ 39 (1700), có bệnh xin hưu, triều đình cho thầy thuốc đến thăm, vẫn giữ chức vụ. Ít lâu sau mất, được tặng Thái tử thái bảo, ban lễ Tế táng, thụy là Tương Vũ. Tang về kinh sư, mệnh cho hoàng trưởng tử Dận Thì đi viếng.

Tư Khắc trấn thủ vùng biên lâu năm, ơn uy đằm thắm. Tang đi từ Cam Châu đến Đồng Quan, qua nơi nào, quân dân ở 2 bên đường kêu khóc đưa tiễn. Đế nghe được, than: "Nếu Tư Khắc thời bình làm quan không tốt, sao được thế này?" Được tiến tước Nhất đẳng A Tư Cáp Ni Cáp Phiên [8] kiêm thế chức Tha Sa Lạt Cáp Phiên [12]. Thời Càn Long, con cháu họ Tôn được định phong Nhất đẳng Nam, sau đó được thế tập võng thế.